病原所的定位：根據國家中長期科技發展規劃，面向國家重大需求，瞄準國際科技發展前沿，突出衛生行業特色。通過建立全新的運行機制、建設人才隊伍、發展學科水平、構建技術平臺，增強創新能力，解決關鍵問題，發展核心技術，引領產業發展，保障人民健康。

病原所的任務：開展基礎、應用基礎和應用性研究，為相關領域研究水平的提升提供支撐；為重大公共衛生事件防控提供保障；為相關產業發展提供基礎。同時開展政策研究及教學工作；為相關領域培養高級人才。

病原所的研究領城：開展病原學、生物學、流行病學、免疫學、形態學、遺傳學、基因組學、蛋白質組學、生物信息學、結構生物學等多學科研究以及診斷、預防技術與產品的研發等。

病原所自成立以來，按照“定位明確、整體規劃、不斷創新、 穩步推進”的建所思路，以實驗空間、技術體系、學科建設、人才隊伍、對外合作、機制體制和所院文化等為工作重點。目前，10,000平方米現代化、標淮化裝飾的空間，為新址建設過渡期間的實驗和辦公提供了場地；3,000多臺件高精尖設備，搭建了基因組學、蛋白質組學、生物信息學、免疫學、細胞生物學、分子生物學、形態學、結構生物學等多種前沿和傳統技術的硬件平臺；一批來自國內外的中青年優秀人才，逐步形成了結構合理、層次分明、富有活力和發展潛能的研究和管理團隊；通過實體聯合、資源基地、項目合作、戰略聯盟等形式，在國內外逐步形成多個活躍的學術合作網絡和科研交流平臺；“員工至上，科技為先，民主創新，和諧發展”的治所理念;營造了一個有利于青年人才成長和發展的環境。2009年，成立僅3年 的病原所被評為“全國醫藥衛生系統先進集體”；2014年入選“國家創新人才培養示范基地”。